By this author

Comparative genomics of carbohydrates utilization in bacteria of the family <i>Sphaerochaetaceae</i>: evolutionary origin of the genes encoding galacturonidase and unsaturated rhamnogalacturonyl hydrolase

Issue number 5 from 15.09.2024

Проведен сравнительный анализ белков деградации углеводов, закодированных в доступных в настоящее время геномных последовательностях бактерий семейства Sphaerochaetaceae, а именно Sphaerochaeta associata GLS2^T, S. globosa Buddy^T, S. pleomorpha Grapes^T, S. halotolerans 4-11^T, S. halotolerans 585, Sphaerochaeta sp. S2, Sphaerochaeta sp. PS и Parasphaerochaeta coccoides SPN1^T. Геномы сферохет кодируют средний по размеру и по разнообразию набор белков, потенциально участвующих в деградации разных классов углеводов, в основном олигосахаридов. Все исследованные геномы кодируют гликозил-гидролазы семейств GH1, GH2, GH3, GH4, GH13, GH20, GH28, GH36, GH43, GH57, GH63, GH77, GH105 и карбогидратэстеразы семейств CE8 и CE9. У всех исследованных сферохет, за исключением P. coccoides SPN1^T, в геномах закодировано много белков семейства GH31. У исследованных представителей Sphaerochaetaceae нет генов эндо-β-ацетилмурамидазы (лизоцима) семейства GH23, вовлеченной в процесс оборота пептидогликана. Однако геномы S. associata, S. globosa, Sphaerochaeta sp. PS и S. pleomorpha содержат ген экзо-β-ацетилмурамидазы (семейство GH171). Значительная часть генов, кодирующих ферменты деградации углеводов, имеет наиболее близкие гомологи среди представителей филумов Bacillota, Bacteroidota, Pseudomonadota. В геномах исследованных бактерий закодированы белки, которые потенциально могут участвовать в деградации пектина. Исследованы способность представителей Sphaerochaetaceae использовать для роста пектин, а также эволюционное происхождение генов, кодирующих потенциальные α-галактуронидазу (семейство GH4) и ненасыщенную глюкуронил/рамногалактуронил-гидролазу (семейство GH105), которые участвуют в деградации компонентов пектина.

32 0